პენიტენციური კოდექსის მიხედვით, საქართველოს იუსტიციის სამინისტროს სისტემაში შემავალი სახელმწიფო საქვეუწყებო დაწესებულების − სპეციალური პენიტენციური სამსახურის (შემდგომ - სამსახური) ფუნქციები:

• საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით პატიმრობისა და თავისუფლების აღკვეთის აღსრულება;
• პენიტენციურ დაწესებულებაში ბრალდებულის/მსჯავრდებულის და მისი უფლებების დაცვა;
• პენიტენციურ დაწესებულებაში სამართლებრივი რეჟიმისა და უსაფრთხოების დაცვა;
• პენიტენციური დაწესებულების დაცვა;პენიტენციურ დაწესებულებაში კრიზისული ვითარების მართვა;) პენიტენციურ დაწესებულებაში და მის მიმდებარე ტერიტორიაზე დანაშაულის ან/და სხვა სამართალდარღვევის პრევენცია, გამოვლენა და აღკვეთა;
• პენიტენციურ დაწესებულებაში ბრალდებულის/მსჯავრდებულის რეაბილიტაციის/რესოციალიზაციის და საზოგადოებაში ინტეგრაციის ხელშეწყობა.

სპეციალური პენიტენციური სამსახურის უფლებამოსილებები:

• პენიტენციურ დაწესებულებაში სამართლებრივი რეჟიმის დასაცავად თავისი კომპეტენციის ფარგლებში საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი მოთხოვნების შესრულება (მათ შორის, პენიტენციური დაწესებულების დღის განრიგის შესრულების ზედამხედველობა) და ამ მოთხოვნების დარღვევის შემთხვევაში შესაბამისი რეაგირება;
• ბრალდებულის/მსჯავრდებულის ესკორტირება (პენიტენციური დაწესებულებიდან გაყვანისას, გადაყვანისას და ექსტრადიციისას);
• პენიტენციურ დაწესებულებაში უსაფრთხოების უზრუნველყოფის მიმდინარე და გაძლიერებული ღონისძიებები სგეგმების შემუშავება და განხორციელება;
• პენიტენციურ დაწესებულებაში სამართლებრივი რეჟიმისა და უსაფრთხოების დასაცავად კრიზისული ვითარების საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით მართვისას ინტერვენციის, სპეციალური ან/და სხვა ღონისძიებების განხორციელება;
• სტიქიურიუბედურებისადასხვასაგანგებოსიტუაციისდროსბრალდებულის/მსჯავრდებულისუსაფრთხოებისუზრუნველსაყოფადშესაბამისიღონისძიებებისგანხორციელება, აგრეთვესამსახურისმოსამსახურეთაგანსაკუთრებულრეჟიმზეგადაყვანისუზრუნველყოფა;
• პენიტენციურ იდაწესებულების საინფორმაციო-ანალიტიკური უზრუნველყოფა, შესაბამისი მონაცემების დამუშავება და ანალიზი;
• საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით ოპერატიული ღონისძიებების განხორციელება; ბრალდებულის/მსჯავრდებულის შესახებ მონაცემების დამუშავება და სათანადო მონაცემთა ბაზების ადმინისტრირება;
• ბრალდებულის/მსჯავრდებულისპირადისაქმისადაბრალდებულთარეესტრის/მსჯავრდებულთა რეესტრის წარმოება;
• პენიტენციური დაწესებულების საექიმო-სამედიცინო პუნქტის/სამედიცინო ნაწილის საქმიანობის ორგანიზება და კონტროლი, პენიტენციურ დაწესებულებაში ჯანმრთელობის დაცვის უწყებრივი, სახელმწიფო დ ასაერთაშორისო პროგრამების განხორციელება;
• პენიტენციურ დაწესებულებაში არსებული სანიტარიულ-ჰიგიენური დაეპიდემიოლოგიური მდგომარეობის შემოწმება;
• სამსახურის საქმიანობის სამართლებრივი უზრუნველყოფა; სამსახურის მატერიალურ და ტექნიკური უსაფრთხოების უზრუნველყოფა (მათშორის, სამსახურის ბალანსზე რიცხული ობიექტების დაცვა), შესაბამისი ტექნიკური უსაფრთხოების გეგმების შემუშავება დ აგანხორციელება;
• საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით სამსახურის მოსამსახურისა და მისი ოჯახის წევრების უსაფრთხოების უზრუნველყოფა; მსჯავრდებულის რესოციალიზაციის მიზნითშესაბამისი პროგრამების შემუშავება და განხორციელება;
• საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა უფლებამოსილებების განხორციელება.